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Nuovo senso fascicolare le cellule senza limitazioni dei metodi tradizionali

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Il metodo è analogo ad analizzare uno smoothie per trovare che frutta è entrato in farlo, i ricercatori dice

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Una squadra di ricercatori della Scuola di Medicina dell'Università di Stanford ha fornito un nuovo senso di analizzare i diversi tipi delle cellule applicando l'analisi matematica avanzata alle cellule? soddisfare.

Il metodo è analogo ad analizzare uno smoothie per trovare che frutta è entrato in farlo, i ricercatori dice. Una carta che descrive il metodo, denominato Cibersort, è stata pubblicata il 30 marzo in linea nei metodi della natura.

Analizzare e fascicolare le diverse cellule secondo le proteine che visualizzano sulle loro superfici sono una parte essenziale di scienza della cellula formativa e di ricerca sul cancro. Analizzando queste proteine, conosciute come gli indicatori della superficie delle cellule, gli scienziati possono calcolare fuori che genere di cellule stanno occupando e vedere come la cellula prova, preso da un animale durante tempo, cambiamento.

Con cancro, la presenza o l'assenza di determinati indicatori delle cellule può fare una differenza enorme in un paziente? prognosi di s ed i che trattamenti saranno più efficaci.

Ma molti generi di latta del tessuto? la t be è analizzata facilmente o esattamente usando i metodi correnti di cellula che fascicolano, impedicenti gli scienziati? capacità di fare ricerca ed i clinici? capacità di trovare le terapie più efficaci per cancro ed altre malattie.

? Il problema di base è che vogliamo spesso contare le popolazioni delle cellule in tessuti, ma contiamo sui metodi che richiedono i tessuti per essere raccolti e per immagazzinati, quindi per essere separati nelle diverse cellule o per essere affettati in sezioni ed allora identificato con gli anticorpi agli indicatori specifici? cenere detta Alizadeh, MD, PhD, assistente universitario di medicina e l'autore maggiore della carta. ? Ciascuno di questi punti presenta le limitazioni.?

Come le cellule sono fascicolate

Le decadi fa, i ricercatori della Stanford erano fra il mondo? i capi di s nel mettere a punto un metodo per analizzare le cellule hanno denominato il flusso cytometry. Con questo metodo, i tessuti in primo luogo sono separati nelle diverse cellule e sono esposti agli anticorpi fluorescente identificati che attaccano agli indicatori particolari della superficie delle cellule. Allora alcune cellule alla volta, nelle gocce molto piccole dell'acqua, sono passate davanti ad un laser che eccita gli anticorpi fluorescenti e un sensore ottico che conta ogni tipo di cellula nella goccia. In alcune macchine, i generi differenti di cellule possono essere fascicolati nei vari contenitori.

Potete prendere un tessuto, mescolarli in su, esaminare il soddisfare e dire che generi di cellule sono venuto?

Il metodo standard di fascicolazione delle cellule richiede la rottura in su dei tessuti, o disgregandoli, nelle diverse cellule, Alizadeh ha detto. Ciò è un processo approssimativo che distrugge determinati tipi delle cellule e rende alcuni tessuti inutili per lo studio. In più, il metodo tradizionale di conservazione dei campioni medici lo rende impossible procedarli in questo modo, lui ha notato. Inoltre, fluorescente identificato anticorpi deve essere prodotto per ogni proteina specifica delle cellule in cui gli scienziati sono interessati. Gli anticorpi non possono essere disponibili per alcune proteine, ha detto.

La soluzione che i ricercatori hanno fornito è di fascicolare non le cellule, ma il loro soddisfare. ? Stavamo chiedendo? Potete prendere un tessuto, mescolarli in su, esaminare il soddisfare e dire che generi di cellule sono venuto??? Alizadeh ha detto.

Ricostruzione del cellulare? smoothie?

Nel mettere a punto il nuovo metodo, Alizadeh ed i suoi colleghi hanno messo a fuoco non sugli indicatori della superficie delle cellule della proteina, ma sul RNA su cui quelle proteine sono state modellate. L'erudito Postdoctoral Aaron Newman, PhD, ha inventato una procedura del calcolatore per ricostruire il tipo ed il numero di cellule originali basate sul contenuto del RNA della miscela di tutte le cellule.

? Esso? la s gradice ricostruire uno smoothie? Newman detto, un autore importante della carta. ? Sapere che ha molti generi differenti di frutta in esso, ma indossate? la t conosce subito quant0 di ogni tipo. Tuttavia, potreste sapere che le fragole hanno avute una certa somma di zucchero e di coloritura rossa, mentre gli aranci hanno una quantità differente di zucchero, di coloritura arancione e di più tartness. Se analizzate ciascuna di queste qualità, potete ricostruire quant0 di ogni genere di frutta sono entrato in produrre lo smoothie.?

Oltre che la prevenzione dei problemi inerenti a rompere in su i tessuti nelle celluli, ricercatori che usando questo metodo vinto? anticorpi fluorescente identificati di bisogno di t per gli indicatori che della superficie delle cellule stanno cercando, ha detto.

Se applichiamo Cibersort ai tessuti del cancro, pensiamo che possiamo vedere le cose stupefacenti.

Alcuni degli avanzamenti recenti più emozionanti nel trattamento di cancro coinvolgono l'uso delle droghe novelle che agganciano le risposte immunitarie in pazienti combattere la malattia. Queste droghe designano spesso le popolazioni come bersaglio rare e dormenti delle cellule immuni che risiedono all'interno dei tumori. Mentre alcune di queste droghe possono essere drammaticamente efficaci per i pazienti con i tipi molto differenti del tumore, benefici di non ogni paziente ugualmente ed alcuni tipi del tumore sembrano non rispondere a queste nuove terapie immuni.

? Uno sforzo significativo e continuo è di trovare quale cellule immuni mediano la risposta e la resistenza a queste droghe, per permettere loro diretta e per rendere paricolare l'uso ad un modo reso personale? Alizadeh detto, che è inoltre un membro dell'istituto della Stanford per biologia della cellula formativa e medicina rigeneratrice e l'istituto del Cancer della Stanford. ? Se applichiamo Cibersort ai tessuti del cancro, pensiamo che possiamo vedere le cose stupefacenti.?

Ottimizzazione dei trattamenti del cancro come bersaglio

Se i ricercatori applicano Cibersort ai vecchi campioni del tumore dai pazienti di cui la storia clinica è conosciuta, possono potere imparare che generi di cellule segnalano il più o i cancri meno mortali. Possono anche imparare che generi di trattamenti funzionano migliore o più difettoso in vari sottotipi di cancro. Questa specie di informazioni ha potuto essere più importante per le terapie del cancro dell'anticorpo.

? Là sono i suggerimenti iniziali che è molto importante da sapere circa la presenza di tipi specifici di cellule immuni nel tumore prima e dopo determinate terapie sono date e come quelle cellule cambiano col passare del tempo? Alizadeh ha detto.

L'altro autore importante della carta è Chih Liu lungo, il PhD, un socio di ricerca in Alizadeh? laboratorio di s. Altri co-author della Stanford sono Maximilian Diehn, il MD, il PhD, assistente universitario dell'oncologia di radiazione; Chuong Hoang, MD, ex assistente universitario di ambulatorio toracico; precedente verde postdoctoral del Michael dell'erudito, PhD; l'assistente tecnico maggiore Andrew di ricerca addolcisce, PhD; ex socio di ricerca Weiguo Feng, PhD; e ricercatore maggiore Yue Xu, MD, PhD.

Questo lavoro è stato sostenuto dalle concessioni dal duca fondazione di beneficienza, il fondamento di ricerca sul cancro di Damon Runyon, il fondo di ricerca in oncologia del cardano di B&J, l'istituto di Ludwig per ricerca sul cancro, gli istituti della sanità nazionali (concessioni U01CA154969, U19AI090019 e CA09302-35), il Dipartimento della Difesa degli Stati Uniti e una concessione di Doris dall'istituto della cellula formativa di Siebel e dal Thomas e dal fondamento di Stacey Siebel.

Stanford? il reparto di s di medicina inoltre ha sostenuto il lavoro.