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Prova genetica: Risorse & sfide nuove

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Le nuove prove stanno ampliando l'utilità dell'analisi genetica e stanno promettendo di facilitare il processo diagnostico.

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Se voi? re cercando un esempio dello sviluppo veloce di scienza, osservi no ulteriore del campo della genetica. La conoscenza in questa zona sta esplodendo e quella sta traducendo in aumento constante nell'uso della prova genetica nella diagnosi e nell'amministrazione della malattia. Qui, gli esperti in questa materia discutono due novità importanti che urteranno l'oftalmologia; fornisca uno sguardo ad alcune delle risorse correnti disponibili ai medici; e consiglio di offerta su come fare il la maggior parte di questi attrezzi.

Due nuove prove

I ricercatori all'istituto oculare di genomica (connesso con l'infermeria dell'occhio e dell'orecchio del Massachusetts e la Facoltà di Medicina di Harvard a Boston) hanno sviluppato CLIA-certificata, next-generation, gene-ordinando il protocollo progettato per i pazienti con le malattie dell'occhio ereditate, compreso il glaucoma, le degenerazioni retiniche e l'atrofia ottica. Le prove si riferiscono a come i pannelli genetici di malattia dell'occhio, o GEDi. La prova di GEDi-R cerca le mutazioni per quanto riguarda i disordini retinici; la prova di GEDi-O controlla per vedere se ci sono mutazioni per quanto riguarda atrofia ottica ed il glaucoma iniziale di inizio.

I risultati della prova clinici, segnalati in una pubblicazione recente, 1 hanno dimostrato che il GEDi prova? la capacità di rilevare una singola variante del nucleotide ha una sensibilità e una specificità di 97.9 per cento e di 100 per cento, rispettivamente. (Lo studio crea la nota che questo paragona favorevole alla sensibilità di 88.3 per cento realizzata dall'intero-exome ordinamento usando un insieme disponibile nel commercio di bloccaggio del exome; attribuiscono questo per migliorare il riempimento dei geni designati nelle prove di GEDi.) Una prova futura di 192 pazienti con le degenerazioni retiniche ereditate ha trovato che la prova retinica di GEDi ha avuta un tasso diagnostico di 51 per cento.

Queste prove possono essere ordinate da un professionista medico; il ritorno è dei 90 giorni. La prova retinica costa $2.500; la prova glaucoma/di atrofia costa $1.250. (L'assicurazione contro le malattie può coprire la parte o tutto costo.)

Un altro sviluppo recente è una prova avanzata concernente le cataratte congenite, una circostanza del DNA che può essere un sintomo di più di 100 malattie differenti. Scoprire le mutazioni che collegano le cataratte congenite a quelle malattie ha usato per essere un processo lungo, costoso e non completamente certo che coinvolge le prove genetiche multiple e numerose le prove non genetiche, guida da una storia di famiglia dettagliata. Ora, i ricercatori all'università di Manchester in Inghilterra hanno sviluppato una prova usando una nuova tecnologia d'ordinamento denominata ordinamento next-generation, o NGS. I nuovi sguardi della prova a 115 geni conosciuti per essere associato con le cataratte congenite e possono trovare le mutazioni collegate ad una di quelle malattie in alcune settimane. (La nuova prova inoltre ha scoperto le mutazioni relative alla circostanza che precedentemente non sono state conosciute.)

Uno studio che valuta l'efficacia della prova, recentemente pubblicata in oftalmologia, 2 ha fatto partecipare 36 pazienti diagnosticati con la cataratta congenita bilaterale (nonsyndromic o syndromic) e un gruppo di controllo. La prova poteva determinare la causa genetica della cataratta congenita in 75 per cento degli oggetti. Ancora, 85 per cento dei pazienti con il cc nonsyndromic hanno avuti mutazioni patogene probabili.

? La cataratta congenita è uno stato difficile da diagnosticare geneticamente; più di 100 geni sono stati associati con esso? nota Rachel Gillespie, che ha progettato la nuova prova ed è autore importante dello studio. ? D'importanza, le cataratte in bambini ed i bambini possono presentare come problema isolato o come indicazione iniziale di uno stato di fondo di sistema multiplo. Tuttavia, le presentazioni cliniche in infanti ed in bambini in giovane età possono essere molto delicate ed ambigue, in modo da la delineazione della causa precisa è quasi impossibile. [Allo stesso tempo,] la diagnosi rapida di queste circostanze è di importanza fondamentale in moda da potere cominciare appena possibile il controllo preventivo iniziale di malattia e/o di trattamento.

? I metodi di collaudo genetici tradizionali richiederebbero individualmente la selezione dei geni cataratta-causanti e consecutivamente troverebbero la causa? un processo che può richiedere tempo molto molto ed è spesso infruttuoso? continua. ? La nostra prova seleziona simultaneamente 115 geni della cataratta da un singolo piccolo campione della saliva o di anima, rendente la diagnosi molto più facile e più efficiente. Abbiamo veduto un tasso molto alto di diagnosi: La nostra prova può trovare la causa probabile in circa 75 per cento di tutti i pazienti provata. Interessante, per un certo numero di bambini, i nostri risultati genetici hanno permesso ad una diagnosi delle circostanze specifiche, alterando la loro amministrazione e trattamento clinici. Ancora, l'identificazione della causa genetica della cataratta congenita all'interno delle famiglie permette al consiglio per la prognosi, al rischio ad altri membri di famiglia ed al consiglio sulla prova prenatale nelle gravidanze future.

? Per esempio, una famiglia che abbiamo lavorato con avuto tre membri? due fratelli ed il loro cugino? chi ha presentato con le cataratte di infanzia-inizio, i grippaggi ed il comportamento provocatorio con le caratteristiche autistiche che sono sembrato peggiorare con l'età? dice. ? Hanno avuti ogni numerose prove subite per provare e determinare la causa e malgrado i risultati supplementari del myelination in ritardo da un'esplorazione di MRI, una diagnosi precisa non è stata fatta. La selezione genetica di NGS ha identificato una mutazione nel gene CYP27A1 che è conosciuto per causare il xanthomatosis cerebrotendinous, un disordine di lipido-immagazzinaggio che può essere mortale; abbiamo confermato questa mutazione come patogena profilando del lipido. CTX è molto delicato nell'infanzia (le presentazioni iniziali sono cataratta e diarrea), ma diventa molto più serio con l'età. La diagnosi precoce è cruciale perché il trattamento preventivo è disponibile sotto forma d'acido e statins chenodeoxycholic, che possono impedire la progressione di malattia ma non può invertirlo più tardi. Fortunatamente, potevamo diagnosticare questa circostanza relativamente presto in questa famiglia e sono tutti che fanno bene sul trattamento.?

La l$signora Gillespie li dice? la VE che lavora duro su questa nuova tecnologia. ? Noi? re attualmente ricercando l'effetto che questa prova sta avendo sulla cura dei pazienti congeniti della cataratta? dice. ? La prova è stata disponibile nel Regno Unito dal dicembre 2013 e può essere chiesta dalle facilità mediche registrate via il rinvio internazionale (piuttosto che ricerca) su una base diagnostica. Le informazioni di rinvio possono essere trovate a mangen.co.uk, con i test di verifica del campione. Per per condurre la prova che chiediamo un minimo di 1 ml di anima in EDTA (acido etilendiamminotetracetico), o il µg 10 di DNA di alta qualità.?

Rendendo prova accessibile

Un altro laboratorio che fa il lavoro notevole è il John ed il laboratorio di prova genetica senza scopo di lucro di Marcia Carver, affiliato con l'università di Iowa. Il laboratorio, intestato dalla pietra di Edwin M., MD, PhD e Val il C. Sheffield, il MD, PhD, è dedicato a fornire la prova genetica senza scopo di lucro per le malattie dell'occhio rare. Le prove che offrono incorporato la ricerca effettuata da DRS. La pietra e Sheffield, in modo da le prove forniscono il più clinicamente il dato valido mentre rimangono acquistabili.

? Quando ho cominciato lavorare per il Carver che il laboratorio là era probabilmente 20 geni ereditati di malattia dell'occhio conosciuti? dice il laboratorio? s Jean Andorf. ? Ora ci è più di 250. Così il campo si è sviluppato velocemente e la nostra prova si è sviluppata con quel tasso di scoperta del gene. Siamo stati motivati per offrire questi servizi perché una volta che un gene è stato trovato a lungo e studiato stato potete? soldi di concessione dell'introito di t allo scopo di genotyping più famiglie. Così, tutti questi dollari di ricerca andrebbero scoprire un gene ed allora il wouldn di prova genetica? la t è disponibile per i pazienti. Il nostro obiettivo era? ed ancora è? per per offrire prova genetica acquistabile a chiunque che la voglia. Che cosa addebitiamo una prova è allineare appena il costo dei tecnici di laboratorio e dei reagenti.

? Siamo inoltre un laboratorio di ricerca? continua. ? Circa un terzo del nostro sforzo mette a fuoco sulla prova genetica senza scopo di lucro; e circa due terzi sono sulla ricerca. Noi? re geni nuovi costantemente di ricerca, così come i sensi capire più meglio i geni che sono conosciuti. Per esempio, uno dei nostri biologi, Budd Tucker, PhD, è fare progressi enormi nel usando le cellule formative pluripotent per curare la gente con le malattie dell'occhio ereditate.?

Uno dei progetti in corso al laboratorio del Carver si riferisce a As? Progetto 3.000? uno sforzo per identificare ogni persona negli Stati Uniti che soffrono da Leber? amaurosis congenito di s? valutato per essere circa 3.000 di numero. ? Questo programma ha permesso che noi offrissimo la prova genetica a questi individui e che ha popolato un certo numero di prove di trattamento RPE65, mentre fornisce ad una popolazione significativa per la ricerca clinica futura sulla prognosi a lungo termine? dice la l$signora Andorf. ? Oltre che l'individuazione dei la maggior parte dei pazienti di LCA sotto un'età di 20, noi? la VE inoltre ha identificato una manciata di gente più anziana con la malattia. Un certo didn? la t realizza che ha avuta questa malattia; molti erano semplicemente ciechi sopportati durante l'era in cui piccolo è stato conosciuto circa le malattie dell'occhio ereditate. Molti di questi adulti sono conoscitivo normali con alta intelligenza ed il funzionamento molto bene. Quello ci permette di dare la speranza alle famiglie con un bambino che riparte quella causa genetica particolare. Potete dire? Ho un paziente di 70 anni che ha multato appena nella sua vita che ha lo stesso tipo di mutazione genetica del vostro bambino.? Quel genere di informazioni è enorme favorevole per una famiglia, anche se esso doesn? la t porta loro il trattamento oggi.?

Fabbricazione il la maggior parte della prova

La l$signora Andorf offre parecchi suggerimenti per quanto riguarda la prova genetica:

? Il vostro paziente non può avere bisogno della prova completa del exome. ? Grazie all'esistenza di exome che ordina, molti laboratori semplicemente gli daranno tutti dati che trovano? nota. ? Tuttavia, ci sono parecchie malattie che sono causate da un piccolo gene o appena da alcuni geni. Un intero exome costa parecchio mille dollari, mentre una prova per quella una mutazione può costare ad una coppia cento dollari. Mentre il exome che ordina certamente ha un posto in prova genetica per le malattie dell'occhio ereditate, esso? s non un buon uso di chiunque? risorse di s per fare un exome completo che ordina per una persona con una malattia monogenic.?

La l$signora Andorf dice molti risultati della prova inutili dai medici che non si fidano della loro propria diagnosi. ? Realmente vogliamo i medici ordinare la giusta prova? dice. ? Esso? s non buona per noi se un medico ordina le prove multiple sul nostro Web site per un paziente perché lui? s che prova a trovare una diagnosi. I medici stanno vedendo a lungo la maggior parte di questi pazienti; devono fidarsi della loro perizia clinica per provare a abbinare il paziente? risultati clinici di s con la prova adatta. Il nostro obiettivo non è di diagnosticare il paziente con la prova; il nostro obiettivo è di confermare la diagnosi. Infatti, noi? re funzionamento sulla compartecipazione delle informazioni cliniche con i medici che li aiuteranno per limitare giù la prova per i loro pazienti.?

La l$signora Andorf dice quella per questo motivo, spesso seleziona i pazienti che hanno malattie eterogenee in file. ? Cominciamo provando a mutazione genetica più probabile? spiega. ? In una percentuale significativa dei pazienti identifichiamo la mutazione con una singola, prova economica usando questo protocollo. L'altro vantaggio di questo metodo? quale qualche gente li critica per? è quello che un exome completo rivela molte informazioni irrilevanti che possono apannarsi una diagnosi. Selezioniamo il gene più costante con le vostre caratteristiche cliniche.

? Esso? s ancor più importante avere una diagnosi quello? s esatta come possibile quando perseguono exome che ordina? aggiunge. ? In media, l'ordinamento del exome rivelerà le mutazioni malattia-causanti molto plausibili in otto geni ereditati conosciuti di malattia dell'occhio. Quindi, i pazienti con le diagnosi inesatte avranno spesso risultati ingannevoli in geni costanti con la diagnosi inesatta. Noi? casi veduti la VE in cui le famiglie ed i medici sono stati fuorviati a causa di questo tipo di situazione. Troppe informazioni genetiche possono rendere i risultati più duri interpretare.?

? Assicuri che il paziente stia consultando un consulente genetico. ? Lotti del email dei pazienti noi rapporti che hanno ottenuto da un altro laboratorio? una lista delle mutazioni senza l'interpretazione dei risultati? dice la l$signora Andorf. ? Qui, lavoriamo con uno specialista ereditato di malattia dell'occhio che si è occupato della malattia dell'occhio ereditata per più di 25 anni. Che cosa malattia voi? re occuparsi di, noi? la VE probabilmente ha selezionato migliaia di altre con la stessa malattia. Avere la capacità di vedere le correlazioni cliniche ai risultati della prova genetici gli dà un di più alto livello di fiducia nell'interpretazione e minimizza le informazioni che possono essere confusionare.

? Per quel motivo, il medico ci che chiede una prova deve annotare chi sta fornendo il consiglio genetico al paziente? dice. ? I pazienti li vogliono spesso trasmettere il rapporto direttamente loro. Diciamo? Se il vostro medico ordinasse un'analisi funzionale del rene per voi, il wouldn del laboratorio? la t trasmette i risultati direttamente voi. Realmente dovete avere un medico e un consulente genetico da potere capire questi dati.? Proviamo a convincere il medico e la famiglia a pensare in anticipo a tale proposito della prova.?

? Il tempo complessivo non dovrebbe essere la vostra soltanto considerazione. ? A volte siamo criticati per i nostri molti tempi di ritorno? l$signora Andorf delle note. ? Quello? la s allineare in alcuni casi, ma noi raggruppa insieme i pazienti per mantenere i costi bassi come possibile. E noi? re non appena un laboratorio clinico. Alcuni servizi offriranno un exome completo che ordina entro quattro settimane, ma crediamo che abbia più significato ordinare una prova specifica quello? s in conformità con la vostra propria diagnosi, anche se prende più lungamente per ricevere i risultati.?

Individuazione delle risorse

Come il numero degli aumenti disponibili delle prove, con il numero dei laboratori che offrono le prove, l'esigenza di una stanza di compensazione centrale è diventato evidente. Un'azienda che tenta di incontrarsi che il bisogno è GeneTests,

basato sul parco di Elmwood, la New Jersey. La relativa missione è di promuovere l'uso adatto della prova genetica fornendo la corrente, l'facile--accesso, informazioni libere su disponibilità della prova.

Secondo Deborah il L. Eunpu, responsabile all'azienda, le prove genetiche il più comunemente chieste concernenti la malattia dell'occhio comprendono le prove per Leber? amaurosis congenito di s; atrofia ottica; pigmentosa di retinite; retinoblastoma; degenerazione macular relativa all'età; albinismo oculocutaneous; cataratte congenite; glaucoma congenito; malformazioni dell'occhio (per esempio, aniridia, microphthalmia, anophthalmia); ed obiettivo slogato. La l$signora Eunpu dice che una volta che un chirurgo ha trovato un laboratorio che offre i servizi in cui il chirurgo è interessato, può mettersi in contatto con direttamente il laboratorio.

? Molti risultati della prova inutili dai medici che non si fidano della loro propria diagnosi. Il nostro obiettivo non è di diagnosticare il paziente… [ma] per confermare la diagnosi.?

? Jean Andorf

? Sul nostro Web site, una volta che una prova è selezionata, le informazioni sul laboratorio possono essere raggiunte via le informazioni elencate con la prova? spiega. ? Alcuni laboratori comprendono i collegamenti alla loro pagina della prova o forme di richiesta che possono essere caricate programmi oggetto. Chiediamo ai laboratori per fornire i tempi di ritorno e sono spesso disponibili alla pagina di informazioni della prova. Alcune prove possono prendere di meno che una settimana? per esempio, alcune prove biochimiche, o ibridazione in situ di fluorescenza [una prova che permette la visualizzazione ed il tracciato del materiale genetico in un individuo? cellule di s]? ma altri, quale exome completo che ordina, possono prendere a 16 settimane. La tecnologia determina il tempo che la prova richiede.?

La l$signora Eunpu nota che l'uso della prova sta aumentando e le opzioni per la prova continuano a espandersi. ? Durante l'anno scorso noi? la VE ha aggiunto quasi 10.000 nuove prove, molte dovuto le nuove tecnologie? dice. ? Per esempio, la disponibilità di ordinamento next-generation ha aperto il portello ai geni multipli di prova alla volta. Queste prove possono essere più utili se uno non è sicuro cui di parecchie circostanze relative da provare per. Tuttavia, quando una diagnosi specifica è ritenuta sospetto, un singolo gene può essere consultato.?

La l$signora Eunpu pensa vedere le prove ancor più nuove e l'uso aumentato. ? La genetica continua ad essere eccitare, evolvente il campo in cui gli avanzamenti nella tecnologia e nella conoscenza possono condurre ai cambiamenti veloci? dice. ? Tutto ha in pieno ordinamento? Non probabilmente. Ma poichè i più trattamenti sono basati sul conoscere la mutazione genetica specifica, i motivi effettuare molte prove saranno coercitivi. Con i test clinici e le occasioni per la visione migliore presentare con i trattamenti emergenti, difficili sta esaminando molto diversamente. Ora provare possono condurre ai trattamenti specifici.?