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Un nuovo modo individuare qualsiasi virus umano

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Alcuni virus, come Zika, possono essere provocatori studiare quando causano improvvisamente gli scoppi perché possono essere duri individuare in campioni di sangue.

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Ora, gli scienziati nel laboratorio di Pardis Sabeti all'istituto là vasto hanno creato un modo progettare le esche molecolari che possono afferrare le particelle virali. Il nuovo strumento, ha chiamato il FERMO, permetterà ai ricercatori di studiare i virus che sono soltanto presenti ai bassi livelli in campioni clinici. Il lavoro è stato riferito in biotecnologia della natura. Discussess di Sabeti come controlliamo e rispondiamo agli scoppi della malattia infettiva nel video. «Poichè l'ordinamento genomica sta bene ad una parte critica di sorveglianza di malattia, gli strumenti come il FERMO ci aiuteranno ed altri individuano gli scoppi più in anticipo e generare più dati sugli agenti patogeni che possono essere divisi con le più ampie comunità di ricerca medica e scientifiche,» ha detto l'autore co-senior dello studio Christian Matranga, che ora lavora con una partenza di Biotech.

Le particelle virali possono essere catturate, anche ai bassi livelli, con le tecniche metagenomic, che mirano ad ordinare tutto materiale genetico in un campione. Ma quei virus a basso livello possono perdersi nel gran quantità di informazioni genetiche da altre fonti, come i microbi ed il DNA del paziente.

Gli scienziati nel laboratorio di Sabeti hanno avuto bisogno di un modo usare le sonde che già avevano fatto per la rilevazione dei pezzi di DNA virale, mentre però arricchendo i microbi che erano presenti ai bassi livelli, come Zika.

«Abbiamo voluto ripensare come realmente stavamo progettando le sonde per fare il bloccaggio,» abbiamo detto il dottorando Hayden Metsky del MIT. «Abbiamo rend contoere che potremmo catturare i virus, compreso la loro diversità conosciuta, con meno sonde che noi avevamo usato prima. Per rendere questo un efficace strumento per sorveglianza, poi abbiamo deciso di provare a mirare a circa 20 virus per volta e finalmente abbiamo riportato in scala fino alle 356 specie virali conosciute per infettare gli esseri umani.»

Hanno sviluppato il FERMO (aggregazione compatta degli obiettivi per l'ibridazione completa), che permette ad un utente di progettare le sonde che afferrano il materiale genetico dalle specie microbiche, compreso i virus che infettano la gente. Le sonde sono basate su tutto il virus umano che è nella base di dati di GenBank (dal centro nazionale per informazioni di biotecnologia) e può essere fatto da qualsiasi numero di società commerciali della sonda-sintesi.

In questo lavoro, i ricercatori hanno usato il FERMO per progettare le sonde per Zika e il chikungunya e potevano individuare la presenza di virus di Zika in parecchie regioni prima che altri scienziati potessero a. Ciò dimostra che questa strategia potrebbe contribuire a controllare in futuro gli scoppi. Nel migliore dei casi, questo approccio sarebbe utilizzato nelle posizioni dove gli scoppi virali sono comuni. «Vorremmo i nostri partner in Nigeria potere realizzare efficientemente l'ordinamento metagenomic dai campioni diversi e gli aiuti del FERMO loro amplificare la sensibilità per questi agenti patogeni,» hanno spiegato il ricercatore postdottorale Katie Siddle.

Il metodo può anche aiutare i clinici che incontrano le febbri che possono essere causate da un virus, ma sono difficili da diagnosticare. «Siamo eccitati circa il potenziale di usare l'ordinamento metagenomic da fare luce su quei casi e, in particolare, la possibilità di agire in tal modo localmente in paesi colpiti,» ha detto Siddle.

Il FERMO può anche essere usato facilmente quando le nuove sequenze virali sono scoperte. Le sonde progettate da Metsky e da Siddle inoltre sono state messe a disposizione per uso pubblico.

Questo lavoro può non solo migliorare la nostra capacità di guardare per gli scoppi virali, ma potrebbe anche aiutare negli studi su grande scala sui microbiomes o trasformarsi in in uno strumento diagnostico.