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Firma microbica per il cancro del colon-retto identificato con l'apprendimento automatico

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Ricercatori dell'European Molecular Biology Laboratory (EMBL) di Heidelberg, Germania, dell'Università di Trento in Italia, e altri collaboratori internazionali hanno utilizzato un algoritmo di machine learning per identificare un sottoinsieme di batteri intestinali associati al cancro colorettale, il terzo tumore più comune al mondo

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Hanno eseguito una meta-analisi di otto studi sui batteri intestinali e sul cancro colorettale, che coprono sette paesi e tre continenti, e hanno scoperto che i cambiamenti microbici associati al cancro colorettale sono robusti, nonostante le differenze nell'ambiente o nella dieta.

Il team ha utilizzato uno strumento chiamato mOTU2, in grado di identificare e contare accuratamente le specie batteriche nei metagenomi. "La caratteristica più forte del nostro metodo è che ci permette di quantificare i batteri che non hanno nemmeno un riferimento genomico", dice Georg Zeller, il corrispondente autore di uno studio pubblicato su Nature Medicine. "Queste specie non sono ancora state isolate e coltivate - molte di esse non possono essere coltivate facilmente in laboratorio. Ma, con le MOTU, possiamo catturarle comunque, il che porta ad un quadro più completo del microbioma"

Hanno identificato 29 batteri, che condividono le comuni capacità di degradare proteine e mucine, suggerendo un potenziale legame tra i microbi dell'intestino associati al cancro e diete ricche di carne e grassi. Questa analisi stabilisce una firma microbatterica generalizzabile e predittiva che può servire come futura diagnosi non invasiva per il cancro colorettale.