Vedi traduzione automatica
Questa è una traduzione automatica. Per vedere il testo originale in inglese cliccare qui
#Persone
{{{sourceTextContent.title}}}
Rintracciare nuove varianti di COVID-19 con la bioinformatica
{{{sourceTextContent.subTitle}}}
Come la sorveglianza e i test continui aiuteranno a gestire potenziali focolai di nuove varianti
{{{sourceTextContent.description}}}
Paul Oladimeji, PhD, è un ricercatore specializzato in tecnologie PCR ed è attualmente a capo dello sviluppo dei prodotti presso Novacyt Group. La sua precedente esperienza include lo studio dei disturbi del percorso molecolare DISC1 nei principali disturbi psichiatrici e l'identificazione di varianti cis-regolatorie in AKT1, un gene candidato alla suscettibilità della schizofrenia. I molti anni di esperienza e competenza di Paul hanno aiutato Novacyt Group a lanciare uno dei primi kit di test COVID-19 gold standard al mondo per assistere nella gestione della pandemia.
D: COSA DIFFERENZIA I PRODOTTI DIAGNOSTICI COVID-19 DI NOVACYT GROUP DAGLI ALTRI SUL MERCATO?
R: Abbiamo oltre 500 prodotti che rilevano una varietà di agenti patogeni. Ogni prodotto rileverà un microrganismo, un microbo o un virus che causa la malattia. Abbiamo questa gamma perché i nostri clienti hanno bisogno di prodotti per rilevare alcune malattie che non sono così ben servite dallo spazio della diagnostica molecolare, come le malattie tropicali trascurate.
La nostra esperienza nel coprire una così vasta gamma di agenti patogeni ci ha permesso di essere i primi a realizzare un prodotto per il rilevamento della SARS-CoV-2. La velocità con cui abbiamo sviluppato il prodotto ha fatto sì che fossimo i primi a offrire una diagnostica per la SARS-CoV-2 in Europa, i secondi ad essere approvati dall'OMS e i quinti ad essere approvati dalla FDA.
La cosa unica dei nostri prodotti è che li abbiamo progettati per poter essere utilizzati su una varietà di strumenti. Siamo agnostici. Abbiamo un grande catalogo di prodotti che vanno oltre i tipici 10 o 20, che sono progettati per funzionare sui nostri strumenti qPCR e sugli strumenti di altri fornitori. Quindi, se hai un laboratorio e se hai uno strumento qPCR, i nostri prodotti possono esserti utili.
Il nostro prodotto approvato dalla FDA per la SARS-CoV-2 ha una serie di caratteristiche distintive. Una è che può essere automatizzato, oppure si può fare un'estrazione manuale. I nostri prodotti sono stati convalidati come compatibili con un sistema automatizzato per coloro che hanno laboratori ad alta produttività e automatizzati in massa. Abbiamo anche un prodotto di estrazione manuale per i laboratori che non hanno questi sistemi automatizzati.
D: COME SI SONO COMPORTATI I VOSTRI PRODOTTI SULLE VARIANTI DI COVID-19?
R: Il prodotto non è solo il test che si presenta alla porta, e penso che sia qualcosa che le persone nei laboratori devono capire. Gli agenti patogeni non stanno fermi. Si ha a che fare con sistemi dinamici e per tutto l'anno in cui i nostri prodotti sono stati sul campo, il virus SARS-CoV-2 si è evoluto. Non tutti hanno familiarità con esso ora, ma siamo stati uno dei primi nell'aprile 2020 a iniziare a pubblicare la nostra sorveglianza bioinformatica. Da quando abbiamo lanciato la nostra diagnostica, pubblichiamo settimanalmente dati bioinformatici che dicono: "Questo è ciò che il virus sta facendo, e il nostro prodotto lo rileverà ancora" Stiamo ancora rilevando tutte le varianti di SARS-CoV-2 che sono là fuori con il nostro prodotto.
Se c'era una cosa unica che stavamo facendo per i nostri prodotti, oltre a lanciarli prima dei nostri concorrenti, era fare la sorveglianza bioinformatica con un vero rigore statistico prima che diventasse sexy e tutti lo facessero.
Le varianti sono molto interessanti perché catturano l'immaginazione del pubblico. Le varianti stanno accadendo tutto il tempo; ogni giorno c'è una nuova variante, ma quella variante sarà di qualche significato? La maggior parte delle varianti arrivano e probabilmente non le vedrai mai, non ne sentirai mai parlare o non le incontrerai perché non offrono alcun beneficio biologico, quindi si mescolano con la popolazione generale e qualsiasi mutazione che definisce quella variante non durerà a lungo nella prossima generazione o nella prossima ondata. Ma abbiamo tracciato tutte queste, e quando si includono tutte le sequenze che sono state pubblicate, copriamo il 99,8% di tutte le sequenze senza errori. Prevediamo ancora di rilevare quelli dove ci sono mismatch, e abbiamo fatto in silice modellazione e reali esperimenti di laboratorio umido su versioni di varianti che hanno mismatch sotto i nostri primer e sonde e dimostrato che possiamo ancora rilevarli. Quindi, stiamo parlando di sorveglianza bioinformatica a un livello che non è mai stato uno standard industriale, ma siamo davvero orgogliosi di stabilire lo standard.
D: COME VEDE CAMBIARE LA NECESSITÀ DI QUESTI TEST DIAGNOSTICI NEL PROSSIMO FUTURO?
R: Naturalmente, si sente parlare nel settore dell'altopiano di COVID, ma penso che sarà un altopiano alto. COVID non sta andando via - sarà con noi per il prossimo futuro e sarà qualcosa che dovremo gestire, proprio come facciamo con l'influenza. Il test COVID ci permetterà di tenere traccia di qualsiasi nuova ondata e di gestire qualsiasi misura di sicurezza necessaria che deve essere messa in atto con un approccio basato sul rischio. Non vogliamo prendere queste decisioni sulla base di una sensazione viscerale - abbiamo bisogno di dati, abbiamo bisogno di tracciarli, e il test COVID-19 aiuterà a proteggere l'intera popolazione permettendoci di gestire qualsiasi potenziale focolaio di nuove varianti in futuro.