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Tutto quello che c'è da sapere sulla qPCR basata su coloranti

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Conoscere le opzioni migliori

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La qPCR basata su coloranti è un'opzione qPCR economica che misura l'amplificazione del DNA a doppio filamento durante la PCR (reazione a catena della polimerasi) in base alla rilevazione della fluorescenza di un colorante che lega il DNA. Oltre alla miscela qPCR, all'acqua priva di nucleasi e al DNA, sono necessari solo due primer specifici per la sequenza, il che la rende un'opzione economicamente vantaggiosa per l'analisi di un gran numero di target.

Sono molti i motivi per cui la qPCR basata su coloranti è così popolare tra gli scienziati. Eccone alcuni:

1. Costo (solo 2 primer) - un'opzione più economica rispetto alla qPCR basata su sonde.

2. Più facile da progettare rispetto alla qPCR con sonda. Anche in questo caso, sono necessari solo 2 primer per la prima. La seconda richiede 2 primer e una sonda posizionata in modo molto specifico.

3. È possibile rilevare errori oltre al gene di interesse, a differenza della qPCR basata su sonda. È quindi possibile ottimizzare l'esperimento e ottenere risultati migliori la prossima volta.

Purtroppo, come ogni metodo, la qPCR basata su coloranti non è ideale per ogni disegno sperimentale. Ecco alcuni svantaggi:

1. Non è possibile effettuare il multiplexing.

2. Ha una bassa specificità.

La parte più importante della qPCR basata su coloranti è ovviamente il colorante. Il colorante classico e probabilmente più utilizzato è il SYBR® Green. Esistono tuttavia opzioni migliori, che forse non sono ancora così popolari, ma che vale la pena prendere in considerazione. Una di queste è EvaGreen®, che è spettralmente simile al SYBR® Green, quindi non è necessario modificare le impostazioni ottiche quando lo si utilizza. Un'altra opzione è SolisGreen® che condivide anche le proprietà spettrali con altri coloranti qPCR comunemente utilizzati. Le miscele qPCR basate sul colorante SolisGreen® hanno un'elevata sensibilità e prestazioni maggiori (fluorescenza più brillante) con una bassa concentrazione di target, dimostrando una migliore precisione e una minore varianza tra le repliche tecniche.