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Innovazioni nel mondo del sequenziamento

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Come le invenzioni di Solis BioDyne possono migliorare il vostro sequenziamento di singole cellule

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Il sequenziamento di singole cellule scopre la diversità nascosta tra le singole cellule, trasformando la ricerca dal cancro alle neuroscienze, ma richiede reagenti che proteggano ogni preziosa molecola. È qui che entrano in gioco le nostre innovazioni.

Che cos'è il sequenziamento di singole cellule?

Il sequenziamento di una singola cellula è un insieme di tecniche che consentono agli scienziati di analizzare il materiale genetico - DNA o RNA - di singole cellule piuttosto che di un insieme di molte cellule. Questo è importante perché anche le cellule dello stesso tessuto possono differire per espressione genica, mutazioni o stati regolatori. Il sequenziamento tradizionale di massa calcola la media di queste differenze, ma gli approcci a singola cellula ci permettono di vedere direttamente la diversità cellulare.

Questo metodo può misurare il DNA (sequenziamento del genoma di una singola cellula), l'RNA (trascrittomica di una singola cellula) e i segni epigenetici (ATAC-seq di una singola cellula, metilazione-seq).

Sebbene il sequenziamento a cellula singola legga naturalmente gli acidi nucleici, i ricercatori hanno sviluppato adattamenti intelligenti per misurare le proteine insieme all'RNA o al DNA, convertendo i segnali proteici in formati leggibili dal DNA. L'approccio più comune, utilizzato in CITE-seq e REAP-seq, si basa su anticorpi etichettati con codici a barre di DNA unici che legano proteine specifiche; durante il sequenziamento, questi codici a barre vengono catturati e quantificati come l'mRNA, rivelando l'abbondanza delle proteine. Altri metodi includono aptameri di DNA che legano direttamente le proteine, saggi di legatura o estensione di prossimità in cui coppie di anticorpi generano tag di DNA sequenziabili quando si legano alla stessa proteina, e selezione di indici mediante citometria a flusso seguita da sequenziamento. Questi approcci multi-omici sono molto utili in diversi campi. Per esempio, nelle neuroscienze possono permettere di distinguere i sottotipi cellulari e di seguire le risposte immunitarie o gliali nelle malattie.

Quali prodotti innovativi posso utilizzare per questo metodo?

Nel sequenziamento dell'RNA in una singola cellula, gli inibitori delle RNasi sono essenziali per proteggere il fragile mRNA dalla degradazione da parte delle RNasi ubiquitarie, che vengono rilasciate nel momento in cui una cellula viene aperta. In genere sono inclusi nel tampone di lisi per salvaguardare i trascritti subito dopo l'interruzione e vengono mantenuti durante le fasi di cattura dell'RNA e di trascrizione inversa, assicurando che l'RNA rimanga intatto fino alla conversione in cDNA stabile. In alcuni protocolli, come RNA-seq a singolo nucleo o CITE-seq, gli inibitori delle RNasi vengono aggiunti anche durante l'isolamento dei nuclei o la permeabilizzazione delle cellule, quando le membrane sono compromesse e le RNasi possono diffondersi liberamente.

Un prodotto innovativo progettato per questa sfida è il nostro inibitore di RNasi RiboGrip® (220 U/µl), un inibitore a base di proteine progettato in silico che inattiva le RNasi A, RNasi B e RNasi C.

RiboGrip® include anche una modifica genetica - Stability TAG - la nostra tecnologia di stabilizzazione dei polipeptidi, brevettata. Ciò rende RiboGrip® estremamente tollerante alle alte temperature e consente la spedizione a temperatura ambiente, nonché l'uso efficace in saggi che richiedono alte temperature di incubazione.test interni dimostrano che RiboGrip® mantiene la piena attività dopo 1 ora di incubazione a 60 °C.

Perché RiboGrip® è una buona scelta per il sequenziamento di singole cellule?

Alto volume di concentrazione di 220 U/µL - ideale per piccoli volumi di reazione.
Eccezionale stabilità alle alte temperature: stabile per 1 ora a 60 °C o fino a 1 mese a 25 °C - comoda impostazione della reazione.
Forte inibizione delle RNasi eucariotiche (A, B, C) per la massima protezione dell'RNA.
Efficace a basse concentrazioni di DTT, per preservare la qualità dell'RNA.
Supporta i flussi di lavoro RT-(q)PCR e NGS basati sull'RNA.
Non fidatevi solo della nostra parola: Illumina afferma che: "RiboGrip® è la scelta migliore per i tipi di campioni difficili, come quelli con un contenuto di RNA più basso e/o una RNasi endogena più elevata (ad esempio, le piante)" Per saperne di più, consultate il materiale didattico sul sequenziamento di singole cellule.