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Sequenziamento di prossima generazione (NGS) Scienza delle applicazioni

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Scienza delle applicazioni

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La tecnologia di sequenziamento ad alta velocità è ampiamente utilizzata nei test genetici dei tumori. Da un lato, il sequenziamento genico può identificare i geni mutati del cancro e quindi determinare rapidamente i farmaci mirati; dall'altro, il tipo di campione può essere il sangue del paziente o anche la saliva, eliminando la necessità di sezioni patologiche tradizionali e riducendo il danno all'organismo del paziente durante il processo diagnostico. Qui introdurremo brevemente il processo di NGS nell'applicazione di test genetici di campioni tumorali.

1. Ricezione del campione e controllo di qualità

Requisiti del campione di plasma: il volume di raccolta del sangue per l'analisi del ctDNA deve essere di almeno 8mL e trasportato al laboratorio centrale utilizzando la provetta professionale BunnyTube cfDNA Preservation Tube conservata a temperatura ambiente. Campione di paraffina tumorale (FFPE) requisiti

① tessuto FFPE intero

② dimensioni del tessuto >0.5*0.5cm, tagliare 5-10 fogli di tessuto di paraffina non colorato, spessore 2-5μm

③ dimensioni del tessuto <0.5*0.5cm, 10-15 fogli necessari, fatti in sezioni o direttamente conservati in una provetta EP da 1.5mL con contenuto di cellule tumorali non inferiore al 10% e tessuto necrotico non superiore al 70%

La scatola dei vetrini deve essere contrassegnata con nome, data di nascita e data di raccolta, e conservata a temperatura ambiente.

2. Estrazione e frammentazione del DNA del campione

Si utilizzano diversi kit di estrazione per diversi tipi di campioni per estrarre il DNA richiesto, e il DNA di grandi frammenti molecolari viene rotto in frammenti di sequenza corta di una certa lunghezza mediante frammentazione ad ultrasuoni.

3. Preparazione della biblioteca e arricchimento della biblioteca

Preparazione della biblioteca: I connettori preparati vengono aggiunti ai frammenti di DNA estratti, e poi i kit di selezione e purificazione del DNA vengono utilizzati per rimuovere i frammenti di DNA grandi e piccoli che non soddisfano i requisiti, così come i connettori in eccesso e altre impurità. Arricchimento della libreria: I frammenti di DNA target vengono selezionati aggiungendo oligonucleotidi bloccanti - ibridazione molecolare (aggiungendo sonde da catturare per ibridazione con il target) - adsorbimento delle sonde (aggiungendo perline magnetiche e quindi adsorbendo le sonde) - sedimentazione magnetica (catturando i frammenti target con magneti ed eluendo i frammenti off-target).

4, sequenziamento

5. Analisi bioinformatica e generazione di report

Dopo che i dati del campione sono offline, il centro di calcolo analizza i dati utilizzando diversi metodi di analisi e di calcolo secondo i requisiti dei diversi programmi sperimentali. Un rapporto specifico viene poi generato sulla base dei risultati dell'analisi bioinformatica per l'interpretazione del medico

I prodotti BunnyTeeth Technology sono sviluppati e progettati specificamente per NGS e sono ampiamente utilizzati nell'analisi dell'oncogene, NIPT (screening prenatale non invasivo) e nel sequenziamento del macrogenoma.