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Il nuovo metodo di discoteca consente al sequenziamento di cellule singole scrna SEQ di elaborare efficacemente i campioni con un numero inferiore di cellule

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Il nuovo metodo di discoteca consente al sequenziamento di cellule singole scrna SEQ di elaborare efficacemente i campioni con un numero inferiore di cellule

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Il sequenziamento dell'RNA di una singola cellula, o in breve scrna SEQ, è una tecnologia che consente agli scienziati di studiare l'espressione genica in singole cellule di una popolazione mista, come tutte le cellule presenti nei tessuti umani.

Come parte della grande famiglia delle tecnologie di sequenziamento di singole cellule, lo scrna SEQ prevede la cattura dell'RNA di una singola cellula e il suo sequenziamento dopo molteplici reazioni di trasformazione molecolare. Poiché l'RNA è un passaggio intermedio tra i geni del DNA e le proteine, esso fornisce una descrizione di quali geni sono attivi e quali no in una particolare cellula.

Poiché scrna SEQ cattura l'attività di tutti i geni del genoma cellulare e cattura migliaia di geni alla volta, è diventato il gold standard per definire lo stato e il fenotipo delle cellule. Questi dati possono rivelare tipi di cellule rare nelle popolazioni cellulari, anche tipi mai visti prima.

Ma lo scrna SEQ non è solo uno strumento per la biologia cellulare di base; è ampiamente utilizzato nella ricerca medica e farmacologica perché può identificare quali cellule del tessuto si stanno dividendo attivamente o quali cellule rispondono a farmaci o trattamenti specifici.

Questi metodi a singola cellula hanno cambiato la nostra capacità di analizzare le caratteristiche delle cellule tra i vari sistemi.

Tuttavia, il problema incontrato dai ricercatori è che scrna SEQ è attualmente personalizzato per l'input di grandi unità.

Non si tratta di un problema da poco, perché il metodo scrna SEQ richiede più di 1000 cellule per effettuare misurazioni utili. Ciò rende inefficiente e costosa l'elaborazione di campioni individuali di piccole dimensioni (come piccoli tessuti o biopsie di pazienti). Questi campioni devono spesso essere risolti caricando un gran numero di campioni, con il risultato di letture caotiche della popolazione cellulare a mosaico.

La soluzione disco

Bues, ricercatore presso l'Istituto Federale Svizzero di Tecnologia EPFL, e un team composto da Marjan bio č anin e Joern pezoldt hanno ora sviluppato un nuovo metodo per consentire a scrna SEQ di elaborare efficacemente i campioni con un minor numero di cellule. Questo metodo, pubblicato sul Journal of natural methods, si chiama disco, deterministico, letto di cattura dell'mRNA e sistema di incapsulamento delle cellule.